У 30-ті роки, до початку Великої Вітчизняної війни, аеропорт у Миколаєві разом з аероклубом знаходився біля станції Водопій. Невеликий колектив аеропорту в ті роки обслуговував літаки По-2 і К-5, які пролітали транзитом з Одеси на Харків. Начальником аеропорту в довоєнний період був Є.Харківський.
У роки війни Миколаївський аеропорт використовувався тривалий період часу як військовий аеродром Збройних Сил Радянського Союзу. У зв'язку з поліпшенням ситуації в країні, з підвищенням рівня життя радянського народу постала потреба в наявності цивільного аеропорту. Так, у 1960 р. Миколаївський аеропорт було переорієнтовано на аеропорт цивільної авіації. Згодом фіксувалося постійне збільшення пасажиропотоку, а разом з тим зростало навантаження і на аеропорт. Тому в 1975 р. було побудовано нову злітно-посадкову смугу. 1983 рік в історії аеропорту ознаменувався будівництвом нового пасажирського терміналу. Цього ж року було проведено сертифікацію аеропорту відповідно до третьої категорії ICAO (Міжнародна Асоціація повітряного транспорту) як аеропорту внутрішніх авіаліній СРСР із правом приймати повітряні судна (ПС) Ту-134 та аналогічних класів. Стрімко розвивалося літакобудування в СРСР. Аеропорти країни приймали в експлуатацію дедалі потужніші ПС. Для того, щоб мати можливість приймати й обслуговувати такі ПС, як Ту-154, Іл-76, АН-22, Іл-62, у 1989 р. у Миколаївському аеропорту було проведено реконструкцію злітно-посадкової смуги, що значно розширило можливості аеропорту.
Зі становленням України незалежною державою кардинальні зміни спіткали й аеропорти країни. Не уникнув цього і Миколаївський аеропорт. У 1992 р. було пройдено міжнародну сертифікацію, завдяки якій тепер аеропорт може приймати й обслуговувати літаки, які прилітають із зарубіжжя. Крім того, аеропорт надає послуги, пов'язані з базуванням ПС і комерційним обслуговуванням пасажирів, з питаннями транспорту, засобів зв'язку, оренди приміщень, зберігання авіаційного палива, вантажів тощо.
